1982年8月，因普陀区特殊教育事业发展的需要，普陀区教育局在普陀区光新路第二小学开设2个辅读班，招收轻度智力残疾学生15人，抽调各学校富有爱心的5名老师负责辅读班的教学工作。

1987年9月，特殊教育的发展促使普陀区教育局对区内特教学校进行合理化设点布局，具有独立建制的普陀区辅读学校正式成立。学校专门招收普陀区智力残疾学生，学制九年。校址位于光新路朱家湾后浜194号，当时有两幢教学楼，占地面积2709平方米,建筑面积1385干方米，有康复室、烹饪室、缝纫室、家政室等5个专用教室。建校时招收3个班级，学生36人。

1994年9月起，学校开始尝试招收中度智力残障学生，8个班级中有1个班级为育能班，学生8人；其余7个班级，81名学生为轻度智力残疾学生。

1997年2月，因特殊教育规模的日益扩大，原有校舍不能满足特殊教育学校标准化建设的要求，故将学校迁至石泉路201号，并正式更名为上海市普陀区启星学校。占地面积4614平方米,建筑面积4129方米，并按照辅读学校装备标准配齐感统训练室、脑瘫康复室、烹饪室、家政室等12个专用教室。招收的学生为轻度和中重度智力残障学生。

2010年，普陀区教育局按照校安工程建设要求，对学校进行全面改建，并按照《上海市特殊教育学校标准化建设》要求铺设了无障碍通道，配齐了无障碍设施设备；优化了学生的学习环境，每个教室均配置了空调、太阳能热水器等生活设施，配备了高清液晶触摸式电脑一体机，为残障学生学习生活提供良好的环境。